登 錄
請使用Email和密碼登陸
注冊賬號
注冊只需要不到一分鐘,請?zhí)顚懻_的Email地址以便聯(lián)系。
軟件教程
來自我們的高級技術(shù)支持專家,精心撰寫整理的原創(chuàng)學(xué)習(xí)教程
原創(chuàng)精選
便捷搜索
快速入門和提高
Sidebar
搜索教程內(nèi)容
相關(guān)學(xué)習(xí)教程
- 使用freqchk命令進行熱力學(xué)校正
- 教程(二十四)使用freqchk命令進行熱力學(xué)校正
- 教程(二十三)GaussView使用技巧-如何設(shè)定溫度和壓力
- 教程(二十二)GaussView使用技巧-如何將指定區(qū)域原子進行固定
- 教程(二十一)幾何結(jié)構(gòu)優(yōu)化中如何固定部分原子
- 教程(二十)GaussView使用技巧-如何保存動態(tài)結(jié)構(gòu)圖
- 教程(十九)內(nèi)稟反應(yīng)坐標(biāo)(IRC)計算
- 教程(十八)過渡態(tài)搜索(三)
- 教程(十七)Gaussian計算服務(wù)器的配置
- 教程(十六)AMPAC專業(yè)級半經(jīng)驗量子力學(xué)模塊安裝
教程(一)弱相互作用能計算中基組重疊誤差(BSSE)的校正
(一)引言:
在計算弱相互作用體系時,論文中一般要求加入BSSE校正,本文將以H2O和NH3分子為例介紹如何計算BSSE校正能量。
(二)計算過程:
1. 復(fù)合物結(jié)構(gòu)優(yōu)化和頻率分析
█軟件:Gaussian 16, GaussView 6
█本文使用方法為M06-2X/6-311+G(d,p) 基組,并加入色散校正項。
█優(yōu)化結(jié)束后,進行頻率分析,保證沒有虛頻,并獲取熱力學(xué)數(shù)據(jù),此處選取焓值
GaussView設(shè)置
優(yōu)化結(jié)果
頻率分析
熱力學(xué)數(shù)據(jù)-焓值
█此處得到復(fù)合物能量為Hcom=-132.912599 au.
2. 單體結(jié)構(gòu)優(yōu)化和頻率分析
█分別優(yōu)化H2O和NH3的結(jié)構(gòu),進行頻率分析,并獲取熱力學(xué)數(shù)據(jù)(焓值)
█得到H2O和NH3的焓值HH2O= -76.395441 au, HNH3= -56.507423au
3. BSSE 分子碎片設(shè)置
█打開已經(jīng)優(yōu)化好的符合物結(jié)構(gòu)(log文件)
█使用GaussView 6 中的Atom Groups功能將復(fù)合物分成兩個碎片(Fragments)
█根據(jù)原子編號,可以將復(fù)合物中的分子歸類為不同分子碎片,從而顯示出不同顏色
定義復(fù)合物分子碎片
4. BSSE計算
█保存好分子碎片之后,再打開Calculate面板,選中Use Counterpoise.
█此時Job Type 選為Energy (此時不需要進行優(yōu)化和頻率計算)
BSSE 計算設(shè)置
█計算完成后打開log文件,在log文件最后可獲得BSSE校正能
BSSE 校正值
5. 相互作用能計算及BSSE校正
█Hint = Hcom - (HH2O + HNH3) + EBSSE=-0.008434862 au = 5.29 kcal/mol
█值得注意的是BSSE計算后得到的結(jié)果中單獨列出了校正后的相互作用能(如上圖中的-7.22 kcal/mol)。此結(jié)果為電子能量(E0)得到的結(jié)果,沒有進行熱力學(xué)的校正。此外本文中的相互作用能為無窮遠處的兩個分子為起點計算的,因此只取BSSE energy項進行校正。
(三)知識背景:
1. 計算A、B分子間的弱相互作用能時,一般不能簡單地通過E_interaction = E_AB - E(A) - E(B)來計算。
因為E_AB能量相對于E(A) + E(B)的降低來自兩方面,一方面是真實的A、B分子間的相互作用能;另一方面來自于A、B分子的基函數(shù)在復(fù)合物體系中相互重疊,相當(dāng)于增大了復(fù)合物的基組而使E(AB)能量降低,所以要去掉,它稱為基組重疊誤差(Basis Set Superposition Error, BSSE)。所以雙分子的相互作用能應(yīng)該表述為E_interaction = E_AB - E(A) - E(B) + E_BSSE。對于弱相互作用,E_BSSE所占E_interaction的比例往往不小,甚至超過它,如果不進行校正,可能正負(fù)號都不對。
2.一般來說,只有計算弱相互作用才需要考慮BSSE問題。BSSE問題會影響勢能面,因此,BSSE效應(yīng)不僅影響相互作用能,也會影響幾何優(yōu)化、振動分析等任務(wù)的結(jié)果,只不過BSSE對相互作用能的影響顯著大于對其它問題的影響。計算強相互作用能(如反應(yīng)焓變、自由能變化、化學(xué)鍵鍵能)時一般不需要考慮BSSE問題。
3. 計算E_BSSE有多種方法,Gaussian程序中使用的是目前使用最廣泛的Boys和Bernardi發(fā)展的counterpoise方法。
您認(rèn)為本教程對您有幫助嗎?
沒有找到滿意的教程?找技術(shù)專家?guī)兔?/h2>提交技術(shù)請求
綜合用戶提交的技術(shù)請求,我們可能推出相應(yīng)的專題教程