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教程(十四)GaussView使用技巧-在質(zhì)心添加原子或分子
(一)引言:
? GaussView中有很多功能,但我們平時(shí)在使用時(shí)用到的功能較少。本系列將結(jié)合筆者多年的使用經(jīng)驗(yàn),介紹GaussView的使用技巧。
? 當(dāng)要在材料的中心(或某一區(qū)域的中心)添加原子(或分子)時(shí),如何精準(zhǔn)、有效構(gòu)建所需要的模型呢?本文將以足球烯(C60))及其衍生物為例,介紹如何在其中心位置放入所需要的原子(或分子)。
(二)建模過程:
1. C60及其十二烷基取代衍生物的構(gòu)建
█ 軟件版本GaussView 6
█ 首先畫出C60,此步較為簡單,只需要在GaussView環(huán)狀結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中找到即可(右下角)。其次,在其中一個(gè)C原子上接上12烷基。結(jié)構(gòu)如下:
C60及其十二烷基取代衍生物結(jié)構(gòu)
2. 在C60質(zhì)心添加Fe原子和H2O分子。
█ 在GaussView 6中有一個(gè)功能就是實(shí)現(xiàn)在質(zhì)心添加原子或分子。在如下位置:
質(zhì)心添加原子或分子功能鍵
█ 對(duì)于C60,我們現(xiàn)在預(yù)建模窗口先選好Fe原子或H2O分子,然后點(diǎn)擊上面介紹的Builder → Place Fragment at Centroid of Selected Atoms功能,就能在C60分子結(jié)構(gòu)中精準(zhǔn)添加原子或分子。如下圖所示:
質(zhì)心添加原子或分子時(shí)的預(yù)覽窗口和結(jié)構(gòu)圖
█ 對(duì)于C60的十二烷基取代衍生物結(jié)構(gòu),如果按上述方式添加原子或分子,則所添加的原子或分子不會(huì)出現(xiàn)在C60中心,而是出現(xiàn)在整個(gè)衍生物的質(zhì)心。此時(shí),我們需要通過“特定選擇”功能 ,只選中C60部分,這樣就可以達(dá)到目的,如下圖:
(a) 未使用“特定選擇”功能時(shí)添加原子的位置及結(jié)構(gòu) (b) 使用“特定選擇”功能,選擇C60區(qū)域 (c)(d) 使用“特定選擇功能”之后添加的Fe原子和H2O分子的位置及其分子結(jié)構(gòu)
█ 上述方法在構(gòu)建不同參雜、包覆材料或者催化劑活性中心時(shí)具有快速、精準(zhǔn)的特點(diǎn),希望讀者能夠在實(shí)際研究中靈活運(yùn)用。
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